Als konstant nährstoffarmes Gewässer war der St. Johanner Badesee auch 2019 als oligotroph zu bezeichnen.
Die Gesamt-Phosphor-Konzentrationen des oberflächlichen Wasserkörpers (Epilimnions: 0 - 6 m) waren mit Messwerten von minimal 7 µg/l und maximal 9 µg/l gering. Auch die grundnahe Konzentration von minimal 8 µg/l und maximal 19 µg/l war niedrig.
Die Sauerstoffsituation über Grund war an beiden Untersuchungsterminen mit 8,2 mg/l und 11,2 mg/l ausgezeichnet, weshalb auch nur geringe Ammonium-Stickstoff-Konzentrationen (11 µg/l und 33 µg/l) in der Tiefe festgestellt wurden.
Die hohen Nitrat-Stickstoff-Konzentrationen im Epilimnion weisen jedoch auf eine rege landwirtschaftliche Nutzung des Umlandes hin. Dennoch haben sie im Vergleich zu 2018 etwas abgenommen, das Mittel sank von 1.176 μg/l auf 897 µg/l.
Die Sichttiefe betrug Anfang Mai ausgezeichnete 5,3 Meter und korrelierte mit der geringen epilimnischen Konzentration an Chlorophyll-a von weniger als 1 µg/l. Mitte August war der Badesee trüber, die Sichttiefe betrug 3,9 Meter und die Chlorophyll-a-Konzentration war auf 4,5 µg/l gestiegen. Die Konzentration an Chlorophyll-a weist auf die Aktivität des Phytoplanktons hin und liefert einen Anhaltspunkt zur Algenmenge.
Das Plankton des St. Johanner Badesees bestand 2019 vorwiegend aus Kieselalgen (Bacillariophyceae) und Panzeralgen (Dinophyceae). Dabei waren die Kieselalgen im Frühjahr mit deutlich mehr Arten (11) als zum Sommerende (5 Arten) vertreten. Die Goldalge (Chrysophyceae) Dinobryon divergens war neben der Kieselalge Cyclotella sp. und der Panzeralge Ceratium hirundinella im Mai häufig (4 der fünfstufigen Häufigkeitsskala) anzutreffen.
Anhand der mikroskopischen Analysen wurden 2019 im St. Johanner Badesee insgesamt 27 Arten aus fünf Algengruppen (Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Chrysophyceae, Cyanophyceae, Dinophyceae) bestimmt.