Das Beobachtungsjahr 2020 war beim Sonnegger See durch einen Anstieg des Gesamt-Phosphors und des Nitrat-Stickstoffs gekennzeichnet, wodurch sich die Klassifizierung des Nährstoffniveaus von schwach mesotroph zu mesotroph veränderte.
Bei einem Jahresmittelwert von 19,2 µg/l an Gesamt-Phosphor (2019: 10,8 µg/l) war der Sonnegger See, wie zuletzt im Jahr 2018, dem mesotrophen Gewässertyp zuzuteilen. Bereits im Mai wurde ein höherer Gesamt-Phosphor-Wert von 18 µg/l (2019: 10 µg/l) gemessen, Ende August stieg dieser auf 20 µg/l an (2019: 11,7 µg/l). Beide Messwerte des Jahres zeigten eine Zunahme gegenüber den geringen Vorjahreswerten und damit einen mittleren Nährstoffgehalt des Gewässers an.
Die Nitrat-Stickstoff-Konzentration lag im Frühsommer mit 550 µg/l auf dem Niveau der Vorjahre. Ende August kam es, im Anschluss an eine Regenperiode, zu einem höheren Anstieg des Nitrat-Stickstoffs auf 978 µg/l (2019: 596 µg/l). Beim Ammonium-Stickstoff blieb es hingegen bei den niedrigen Werten der Vorjahre.
Parallel zu den höheren Gesamt-Phosphor-Werten des Jahres 2020 war auch bei der Chlorophyll-a-Konzentration ein Anstieg zu verzeichnen. Die Konzentration des grünen Pflanzenfarbstoffs, die ein ungefähres Maß für die Phytoplanktonmenge darstellt, erhöhte sich im Mittel auf 13,7 µg/l und wies auf eine vermehrte Schwebealgenentwicklung im Untersuchungsjahr hin.
Im Mai war im Sonnegger Sees eine klare Sicht bis 1,9 Meter Tiefe gegeben. Der Chlorophyll-a-Wert von 12,3 µg/l zeigte ein mäßig hohes Algenwachstum an. Das frühsommerliche Phytoplankton bestand vorwiegend aus der nadelförmig gebauten Kieselalgenart Fragilaria ulna var. angustissima. In geringerer Anzahl befanden sich Panzeralgen, wie die Hornalge Ceratium hirundinella sowie zahlreiche weitere Kieselalgen-Gattungen mit sowohl runder als auch länglicher Schalenform in der Phytoplanktonprobe.
Gegen Ende August setzte eine stärkere Trübung im Sonnegger See ein, wobei sich die Sichttiefe auf 1,5 Meter verminderte. Parallel zu den höheren Nährstoffkonzentrationen, die Ende August gemessen wurden, wies auch der Chlorophyll-a-Wert mit 15 µg/l auf eine höhere Schwebealgenentwicklung am Ende der Badesaison hin.