Gesamt-Phosphor-Konzentration und Algenchlorophyll waren 2019 ausschlaggebend für die Einstufung des Maltschacher Sees als eutrophes Gewässer.
Die mittlere Gesamt-Phosphor-Konzentration im Epilimnion (0 - 5 m) hat von 2017 auf 2019 zugenommen, das Jahresmittel stieg von 31 µg/l (schwach eutroph) auf 42,7 µg/l an. Auch über Grund nahm die mittlere Gesamt-Phosphor-Konzentration von 36 µg/l auf 53 µg/l zu. Die mittlere Nitrat-Stickstoff-Konzentration im Epilimnion lag 2019 unter der Bestimmungsgrenze von 60 µg/l, 2018 lag die Konzentration mit 71 µg/l knapp darüber. Ein Rückgang war auch bei der mittleren Ammonium-Stickstoff-Konzentration in der Tiefe zu sehen, diese sank von 386 µg/l (2018) auf 102 µg/l. Entsprechend der hohen Phosphor-Konzentration war ein erhöhtes Algenaufkommen anhand der Chlorophyll-a-Konzentrationen zu verzeichnen. Das ermittelte Algen-Biovolumen von 1,50 mm³/l hingegen war deutlich geringer als im Vorjahr (3,64 mm³/l).
Die grundnahe Sauerstoffsituation war Mitte Mai (9,5 mg/l) sehr gut und Ende August (4,6 mg/l) gut, was auf der regen Assimilationstätigkeit der Schwebealgen und Wasserpflanzen beruhte.
Die Sichttiefe als Maß für die Gewässertrübe betrug Mitte Mai 2,3 Meter und Ende August 1,1 Meter. Die Transparenz des Sees war weniger durch die Algenmenge, sondern vielmehr durch organische Schwebstoffe getrübt. Einen Hinweis darauf lieferte der hohe Gehalt an organischem Kohlenstoff (TOC: 10 mg/l).
Auch wenn das mittlere Algen-Biovolumen im Epilimnion im Grenzbereich von schwach mesotroph zu mesotroph lag und die Chlorophyllwerte auf den schwach eutrophen Bereich deuteten, war der Maltschacher See aufgrund der Gesamt-Phosphor-Konzentration als eutroph einzustufen.
Die Algengemeinschaft setzte sich im Frühjahr hautsächlich aus Panzeralgen (Dinophyceae), Grünalgen (Chlorophyceae) und Goldalgen (Chrysophyceae) zusammen. Die Blaualgen (Cyanophyceae) waren zu diesem Zeitpunkt unterrepräsentiert, diese übernahmen im August besonders mit coccalen Vertretern die Vorherrschaft.
Insgesamt wurden 98 Arten aus 9 Algengruppen (Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Chrysophyceae, Conjugatophyceae, Cryptophyceae, Cyanophyceae, Dinophyceae, Euglenophyceae und Unbestimmbare Formen) bestimmt.