Anhand der mittleren Gesamt-Phosphor-Konzentration wurde der Magdalenensee im Untersuchungsjahr 2019 den schwach mesotrophen Gewässern zugeordnet.
Mit den Sichttiefenwerten 3,7 m im Juli und 3,5 m im August war die Lichtdurchlässigkeit des Seewassers ausgezeichnet.
Während im Juli eine Gesamt-Phosphor-Konzentration (0-4 m) unter 10 µg/l analysiert wurde, lag der Wert im August mit 14 µg/l deutlich im schwach mesotrophen Bereich. Die mittleren Nitrat-Stickstoff-Konzentrationen lagen im Mittel mit 1134 µg/l auf dem Niveau der Vorjahre. Da ein erhöhter Einzelwert aus 4 m Tiefe analysiert wurde, ergab die Berechnung für das Jahr 2019 im Mittel einen höheren Ammonium-Stickstoff-Gehalt (1238 µg/l) als im Vorjahr.
Der gut entwickelte Makrophytenbestand (Myriophyllum spicatum und mehrere Characeenarten wie Chara polyacantha und Chara tomentosa) brachten viel Sauerstoff in das Seewasser ein, da bei der pflanzlichen Photosynthese Sauerstoff freigesetzt wird. Die maximale Sättigung betrug im Juli 229 %.
Da die gelösten Nährstoffe im Seewasser hauptsächlich von den Wasserpflanzen genutzt wurden und somit den Planktonalgen nur in geringen Maße zur Verfügung standen, wurden im Freiwasser nur geringe Chlorophyll-a-Konzentrationen bis 1,3 µg/l (August) gemessen.