Der Hafnersee wurde aufgrund der Gesamt-Phosphor-Konzentration und der Sauerstoffzehrung in der Tiefe wieder mit mesotroph bewertet.
Die mittlere Gesamt-Phosphor-Konzentration im Epilimnion (0 - 6 m) war mit 16 µg/l deutlich geringer als im Vorjahr (23 µg/l) und vergleichbar mit 2017 (17 µg/l). Über Grund hingegen nahm der Gesamt-Phosphor von 38 µg/l (2018) auf 48 µg/l zu.
Auffällig ist, dass bereits Mitte Mai ab acht Meter Tiefe der Sauerstoffvorrat völlig aufgezehrt war. Mitte August am Höhepunkt der thermischen Schichtungsphase trat ab neun Meter auch Schwefelwasserstoff auf. Sauerstofffreie Tiefenzonen entstehen als Folge des mikrobiellen Abbaus von organischem Material. Mitte Mai befand sich die Sauerstoffgrenze in acht und Mitte August in sechs Meter Tiefe. Entsprechend stieg die Ammonium-Stickstoff-Konzentration über Grund von 657 µg/l im Mai auf 2.027 µg/l im August an. Die mittlere Konzentration an Nitrat-Stickstoff im Epilimnion lag unter der Bestimmungsgrenze (60 µg/l), ein Hinweis darauf, dass der Nitrat-Stickstoff zur Gänze von Schwebealgen und Wasserpflanzen aufgezehrt wurde. In den Jahren zuvor lag die Konzentration bei rund 170 µg/l.
Mit einer Sichttiefe von 3,2 m Mitte Mai und 3,7 Meter Mitte August entsprach die Transparenz des Sees den Verhältnissen des Vorjahres (3,7 und 3,9 m).
Die mittlere Chlorophyll-a-Konzentration im Epilimnion betrug 13,4 µg/l, im Mai wurden 9,5 µg/l und im August 17,3 µg/l gemessen, was mesotrophe Nährstoffverhältnisse widerspiegelte.
Da der Hafnersee bei Anglern sehr beliebt ist, darf angenommen werden, dass zum Sauerstoffschwund im Tiefenwasser auch das Fischfutter beiträgt, das gerne zum Anlocken von Fischen verwendet wird. Aufgrund des Sauerstoffmangels, der beim Hafnersee schon ab sechs Meter Tiefe beobachtet wird, beschränkt sich der Fischlebensraum auf den sommerlich erwärmten oberen Wasserkörper. Deshalb ist es an seichten Seen umso wichtiger Nährstoffeinträge zu vermeiden. Ein entsprechendes Fütterungsverbot mit Lockfuttermittel, wie es am Rauschelesee existiert, wäre auch am Hafnersee ratsam.
Insgesamt wurden 78 Algenarten aus sieben Algengruppen (Bacillariophyceae, Chlorophyceae, Chrysophyceae, Cryptophyceae, Cyanophyceae, Dinophyceae, Euglenophyceae) bestimmt