2019 wurde der Afritzer See den mesotrophen Gewässern zugeordnet. Die mittlere Gesamt-Phosphor-Konzentration im Jahresmittel betrug 15 µg/l und lag an der Grenze zwischen schwach mesotropher und mesotropher Trophiestufe. Die Chlorophyll-a- und Phytoplankton-Konzentrationen wiesen 2019 im Mittel auf eine schwach mesotrophe Tendenz des Gewässers hin.
Während der See im Jahr 2018 im Frühjahr und Herbst nicht bis zum Grund zirkulierte, wurde der See im Untersuchungsjahr 2019 sowohl im April als auch im November vollständig durchmischt. Der Sauerstoff-Gehalt in 20 m Tiefe betrug zu diesen Terminen mindestens 7,4 mg/l. Während der Stagnationsphase im Sommer wurde Sauerstoff beim Abbau von abgesunkenem organischen Material verbraucht. Die Sauerstoffgrenze (<0,2 mg/l) verlief in im September in 13 m Tiefe, ab 15 m Tiefe wurde Schwefelwasserstoffbildung dokumentiert.
In den Zirkulationsphasen im April und November war die Blaualge Planktothrix rubescens über alle Tiefenstufen dominant. Während des Sommers schichtete sich die fädige Art in 7–12 m ein und bildete ein Biovolumen bis zu 4,72 mm³/l. In der Oberflächenschicht (0-6 m) waren Kieselalgen (Cyclotella sp. im Juni und Fragilaria crotonensis im September) vorherrschend.
Im Gegensatz zum Vorjahr wurde 2019 keine vermehrte Entwicklung von Cyanobakterien festgestellt.
2019 wurden in den Badebereichen keine Unterwasserpflanzen gemäht.